Clustal

Clustal es programa de ordenador de alineación de la secuencia múltiple de uso común. La última versión es 2.1. Hay tres variaciones principales:

Todos los tres están disponibles para Windows, Mac OS y Unix/Linux.

Este programa está disponible de la Página de inicio Clustal o [servidor del ftp del Instituto de Bioinformatics ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/ europeo].

Entrada/Salida

Este programa acepta una amplia gama en el formato de la entrada. NBRF/PIR incluido, FASTA, EMBL/Swiss-Prot, Clustal, GCC/MSF, GCG9 RSF, y GDE.

El formato de la salida puede ser uno o mucho de lo siguiente: Clustal, NBRF/PIR, GCG/MSF, PHYLIP, GDE o NEXO.

Alineación de la secuencia múltiple

Hay tres pasos principales:

  1. Haga una alineación par
  2. Cree un árbol phylogenetic (o use un árbol definido por los usuarios)
  3. Use el árbol phylogenetic para realizar alineación múltiple

Éstos se hacen automáticamente cuando selecciona "Realmente Completan la Alineación".

Otras opciones son "Hacen la Alineación del árbol del guía" y "Produce el árbol del guía sólo".

Ajuste

Los usuarios pueden alinear las secuencias usando la configuración predeterminada, pero de vez en cuando puede ser útil personalizar propios parámetros de alguien.

Los parámetros principales son el hueco pena inicial y la pena de extensión del hueco.

Véase también

Enlaces externos



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